В 2002 году музею-заповеднику передан эколого-зоологический парк им. Жамбыла, созданный распоряжением акима ВКО за № 1-931р от 28 июня 2000 г. и зарегистрированный управлением юстиции ВКО 16 августа 2000 г. (свидетельство № 11317-1917-ГП).

24 октября 2008 года зоопарк из парка им. Жамбыла передислоцирован на территорию Левобережного комплекса музея-заповедника. Площадь около 4 га.
      Главная задача зоопарка – это сохранение животного мира, а именно фауны Восточно-Казахстанской области и размножение в неволе редких и вымирающих видов, а также изучение их биологических особенностей.

Видовой состав в январе 2026 года  включает 47 видов.  Из  них: 25 видов млекопитающих, 21 вид птиц и 1 вид пресмыкающихся. Всего 287 животных, многие из которых занесены в Красную книгу: беркут, степной орел, пустельга, журавль-красавка, фламинго, белая большая цапля, пятнистый олень, степная  черепаха и др.

ВКО архитектурно-этнографический и природно-ландшафтный музей-заповедник выстроил международные отношения по сотрудничеству с другими зоопарками ближнего и дальнего зарубежья. С 2022 года является членом Евразийской региональной ассоциации зоопарков и аквариумов (ЕАРАЗА), целью которой является координация усилий для совершенствования деятельности зоопарка, развитие системы связей в деле сохранения и разведения диких животных.